Il Consiglio Regionale dura in carica quattro anni ed è composto da ventuno componenti; si riunisce almeno trimestralmente su convocazione del Presidente Regionale o su richiesta di almeno un terzo dei consiglieri.
Tra le principali funzioni che svolge il Consgilio: elegge (e revoca) il presidente, il vicepresidente, l'amministratore e gli altri membri delle direzione regionale e ne determina i poteri; determina le linee operative per l’attuazione degli obiettivi indicati dagli organismi nazionali; ha la gestione finanziaria e patrimoniale di Anpas Liguria; propone l’ammissione delle Associazioni che ne fanno richiesta provvedendo alle relative indagini conoscitive; accerta la cessata attività e lo scioglimento delle Associate, nonché vigila sul permanere dei requisiti per i quali le associate fanno parte di Anpas Liguria e prescrive, dove necessario, protocolli di comportamento dando un termine cui adeguarsi; redige il bilancio consuntivo annuale completo di nota integrativa e di relazione sulla gestione; redige ed approva entro il mese di gennaio dell’anno di competenza il bilancio preventivo; promuove di intesa con le associate interessate la costituzione di organismi provinciali e/o zonali.